El sistema de saneamiento esta compuesto por todos los dispositivos técnicos necesarios para tratar las aguas residuales a través de procesos de recolección y tratamiento, haciendo segura disposición final.

El sistema de servicio de alcantarillado está conformado por 5824 km de redes principales y secundarias, mismo que se estima brinda la cobertura promedio del servicio de alcantarillado en el Distrito Metropolitano de 92.27% y 137 estructuras de captación de quebradas.

Las Redes de Alcantarillado en el Distrito Metropolitano de Quito mantienen un régimen de evacuación combinado que recolecta las aguas lluvias y servidas, funciona a gravedad y sus componentes principales son: estructuras de captación, colectores principales, redes secundarias, conexiones domiciliarias, cajas de revisión domiciliarias, pozos, sumideros y descargas.

La EPMAPS, con la finalidad de mantener en funcionamiento el sistema de alcantarillado realiza las siguientes actividades: limpieza de sumideros, limpieza y mantenimiento de estructuras de captación en quebradas, reposición de accesorios de infraestructura de alcantarillado, levantamiento de información topográfica y catastro de redes existentes en el DMQ, monitoreo del sistema de alcantarillado mediante equipos de inspección televisiva, desobstrucción, reparación y rehabilitación de redes principales, secundarias, colectores y conexiones domiciliarias.

Con el propósito de evitar inundaciones y afectaciones en el sistema de alcantarillado, se realiza anualmente la inversión  aproximada de 7’500.000,00 USD para poder ejecutar las actividades correspondientes al mantenimiento de los sistemas y las estructuras de captación de quebradas.